En un principio, no recibió el nombre actual, «Convento de Santa Clara de la Columna», sino que tomó el nombre del promotor de la Orden, San Francisco, porque en él moraron sus hijos, un grupo de hermanos pertenecientes a la nueva Orden de Frailes Menores fundada por el “Poverello” de Asís, en 1209, una fraternidad que se extendió rápidamente por toda Europa, llegando también a España.
Sabemos con certeza que en 1476 ya estaba construido el convento, según consta en la Bula de la fundación concedida por el Papa Sixto IV. En sus orígenes perteneció a la custodia de Santoyo y, procedentes de la misma, llegaron a Belalcázar, el 7 de octubre de 1476, veinticuatro religiosos de dicha custodia.
La fundadora del convento, doña Elvira de Zúñiga, viuda de don Alfonso de Sotomayor, fue una mujer fuerte y con profundas creencias religiosas que, tras el fallecimiento de su marido, tomó la decisión de fundar un convento a las afueras de Belalcázar. Al mismo tiempo, mandó construir una casa junto al convento, donde se retiraba, en ocasiones, con sus hijas para asistir a las celebraciones litúrgicas de los frailes.
El primogénito de doña Elvira, don Gutierre II de Sotomayor, nombre heredado de su abuelo paterno, ingresó en religión en la Orden de los Jerónimos, en el Monasterio de Guadalupe (Cáceres), dejando el Condado en manos de su hermano Álvaro. Unos años más tarde, abandonó la Orden de los Jerónimos para tomar el habitó Franciscano. Al ingresar en religión, tomó el nombre de fray Juan de la Puebla.
Tras la muerte de doña Elvira, sus hijas, Dª Leonor y Dª Isabel, decidieron quedarse en la casa contigua al monasterio para llevar vida conventual. Vivieron alguna temporada, junto a otras mujeres en comunidad, no como orden religiosa sino como recogimiento laico de mujeres.
Después de salvar algunas dificultades se decidió dejar el Convento de San Francisco a ellas y que los frailes se trasladasen a otro más cercano al pueblo, el convento de “Los Cinco Mártires de Marruecos”. Con todo ello, comenzó una nueva época para este convento, que en adelante acogió a las hijas de santa Clara de Asís quien, siguiendo el ejemplo de san Francisco, había fundado la Orden de las Hermanas Pobres o Clarisas, en Asís, en 1211-1212; una fraternidad femenina que se extendió, igual que lo había hecho la de los frailes, por toda Europa, llegando también a España.
La nueva orientación que se dio al Convento contó con la ayuda económica de doña Teresa Enríquez, viuda de Gutierre III, regente y tutora del heredero. Desde 1488, existió una comunidad en funcionamiento, aunque tuvieron que esperar unos años más por la muerte prematura de doña Teresa Enríquez; mientras tanto, la comunidad se instaló temporalmente en los palacios que habían sido de los condes, cerca de la fortaleza.
Así, con los antecedentes históricos mencionados, nos situamos en 1494, concretamente, el 21 de febrero de ese año, las hermanas entraron en la clausura del convento de Santa Clara.
Para la fundación vinieron monjas del convento de Nuestra Señora de Consolación de Calabazanos (Palencia), primas de Dª Elvira de Zúñiga, Dª Catalina y Dª Luisa Manrique, nombradas, una como abadesa y la otra como torner. Trajeron con ellas, como reliquia, un fragmento de la columna donde azotaron a Jesucristo, quedando como titular del convento Jesús Atado a la Columna; de ahí el nombre de Santa Clara de la Columna.
Respecto a la figura de Dª Leonor, hija de Dª Elvira de Zúñiga, es preciso aclarar que, junto a su hermana, doña Isabel de Sotomayor, fueron las que alentaron la fundación del Convento de Santa Clara de la Columna. Dª Leonor de Sotomayor no entró en el convento como religiosa, pero siempre permaneció muy ligada a él. Durante el resto de su existencia mantuvo un género de vida laico, aunque vistió el hábito de santa Clara. Su hermana Dª Isabel sí que entró como monja en el Convento de Santa Clara de la Columna.
Aunque en el momento de su fundación pertenecieron a la Provincia de Santoyo tanto el Convento de los Cinco Mártires como el de Santa Clara, más tarde, consiguieron pasarse a la Provincia de los Ángeles, fundada por Fray Juan de la Puebla, segundo conde de Belalcázar.
Sin lugar a dudas, quien se aproxima a la historia de este convento puede intuir cómo desde el momento de su fundación se fue buscando cierto rigor religioso, y en base a ello, se buscó el apoyo de la mejor Provincia por entonces, la de Santoyo; más tarde, se persiguió con insistencia la incorporación a la Provincia de los Ángeles, por ser una provincia reformista; e igualmente, son buena prueba de ese rigor las Constituciones dadas por Fray Juan de la Puebla a la comunidad. Pero no deja de ser curioso que esta fundación no se acogiera a la Regla de Santa Clara sino a la Regla de Urbano IV, quizás por lo suntuoso del convento, y por la dificultad de mantenerlo, ya que si se hubiesen acogido a la Regla de Santa Clara no hubieran podido tener posesiones, y éstas constituían el sostén de las hermanas y del convento, ya que dicha regla no permite tener posesiones ni individualmente ni en común, mientras que la de Urbano IV no permitía tener posesiones individualmente, pero sí en común. De todo lo anterior podemos intuir que fue una comunidad que desde su origen quiso vivir el espíritu de la reforma descalza, aunque, de una manera peculiar.
Este convento ejemplificó un fenómeno característico del reformismo femenino; se puede calificar como monasterio familiar femenino, aunque ofrece rasgos diferentes frente al monasterio familiar típico. Es significativo que el titular del linaje no interviniera en la llegada de monjas al monasterio, ni se reservara plazas para las parientas, hasta en una etapa posterior; otro rasgo revelador es la coparticipación, entendida en su aceptación evangélica más radical de fraternidad o sororidad de iguales. En este sentido, cabe destacar que ninguna de las hermanas fundadoras accedió al cargo de abadesa, y pasó mucho tiempo hasta que se nombró a una Sotomayor para el mencionado cargo. En este monasterio, igual que en otros, la presencia de una parienta monja pudo significar un posible instrumento de promoción personal y ayuda para las mujeres que no deseaban insertarse en los círculos del parentesco impuesto. Su utilidad, como medio de presión para evitar matrimonios no deseados, se desvela en casos como el de María de Sotomayor, a quien sus padres tenían destinada al matrimonio; pero ella, que quería ser monja, se lo comunicó a sus tías monjas, y éstas le prestaron la ayuda necesaria para entrar en el convento.
Este monasterio ha servido también de puente para la fundación de otros conventos. Así, sor Francisca de Santa Clara fue enviada como abadesa fundadora al de Santa Clara de Palma del Rio (Córdoba), acompañada por Sor Francisca de las Llagas; y sor María de San Buenaventura fue enviada como abadesa a fundar el convento de la Concepción de Pedroche.
Conocemos, por cronistas de la Orden, que hubo una hermana que se aventuró en la fundación del Convento de Santa Clara de Manila, en Filipinas, aunque aquello solo quedó en el intento ya que falleció en el camino.
A pesar de los avatares históricos, de las desamortizaciones, guerra civil española, el paso del tiempo…, la comunidad religiosa de Santa Clara sigue habitando en este convento e intentando mantener viva su forma de vida en el carisma de Francisco y Clara de Asís.
